نشأت مدينة القضارف الرقمية في أواخر 2004  في إطار التوأمة بين مدينة القضارف واندهوفن الهولندية بمبادرة من مدينة اندهوفن الرقمية برئاسة السيد بن واوماس وبدعم من أم التوأمة الدكتورة أقنس أوفنجتون، والمنظمة الشعبية للمياه. قام مجتمع  اندهوفن عبر  مدينته الرقمية بمنح مجتمع القضارف عبر مدينته  الرقمية  750 (سبعمائة وخمسين) جهاز حاسوب لرفع القدرات ودعم مشروعات مدينة القضارف الرقمية. إنعقد أول إجتماع للمنظمة بمدرسة القضارف الاميرية الاساس برعاية الاستاذ بشير جمعة سهل والاستاذ أمين عمر عريبي وكان الدكتورمعتصم أحمد موسي أول رئيس للمنظمة ثم خلفه المهندس زراعي أحمد محمود محمد عيسي.  يعتبر الدكتور أحمد عبدالقادر صالح مدير عام المركز القومي للمعلومات والسيد عبدالله عثمان أحمد  معتمد القضارف أول من دعم المنظمة. والآن تعتبر حكومة ولاية القضارف وصندوق دعم المعلوماتية ممثلا في الهيئة القومية للاتصالات والمركز القومي للمعلومات، والمنظمة الشعبية للمياه بالقضارف وشركة محجوب أولاد من أهم الداعمين الأساسيين لمسيرة المنظمة.

إنضمت المنظمة إلى مجتمع المعلوماتية عبر قادة المراكز الرقمية لشمال أفريقيا  والشرق الأوسط وكذلك قادة المراكز الرقمية لشرق افريقيا وأخيرا للمجتمع الدولي للمراكز الرقمية الذي أنعقد في كوالامبور ماليزيا وشاركت في أكثر من إثني عشر مؤتمر دولي خاص بالمراكز الرقمية وقضايا الإعاقة التي تسعي المنظمة لعلاجها عبر تقنية المعلومات وتقدمت المنظمة فيها بستة أوراق عمل. كما شاركت المنظمة في أكثر من عشرين مؤتمر وملتقي، محليا وقوميا. وقد إنضمت المنظمة الي التجمع الدولي لمنظمات المجتمع المدني الدولي ومقره بجنوب أفريقيا. وتقدمت للإنضمام لمنظمات المعرفة الدوليه ومقرها  كوالامبور بماليزيا. وقد فازت منظمة القضارف الرقمية في الثالث من أغسطس من العام الماضي بالجائزة الدولية المطروحة في مؤتمر الهند الاليكترونية eINDIA2007 وكانت بعنوان (المعلومات من أجل التنمية). وكان التنافس كبيرا بين ست وثلاثين من المشروعات المتميزة المقدمة من مختلف المنظمات. وقد نقلت هذه الجائزة تجارب المنظمة الى مستوى التشارك العالمي. وهي تجربة متفردة في إطار تنمية مجتمع ذوي الاحتياجات الخاصة عبر تقنية المعلومات، ووجد فوز المنظمة بتلك الجائزة الترحيب والإشادة من منظمات المجتمع المحلي وشركات القطاع الخاص وحكومة الولاية.